《上海资源环境发展报告2016：长三角环境保护协同发展与协作治理》由社会科学文献出版社于2016年1月出版。主编为上海社会科学院生态与可持续发展研究所常务副所长周冯琦、上海市环境科学研究院低碳经济研究中心主任汤庆合、世界自然基金会上海保护项目主任文伟。
区域生态环境是一个不可分割的整体，各环境要素之间相互影响。随着经济的快速发展，环境污染及生态破坏已成为中国主要区域共同面临的问题。生态环境的区域性和整体性在客观上要求打破行政区界线，加强区域环境治理协作。推进经济一体化与环境保护一体化的协调发展，是实现区域生态文明建设目标的必然要求。区域环境治理协作就是将单个地区的环境保护整合为跨多个行政区边界的生态区域治理的一种状态或过程，在这个生态区域内，制度壁垒被削弱或消除，环境治理要素趋于自由流动。改革开放以来，伴随工业化和城市化的快速发展，长三角发展成为我国经济水平较高、综合实力较强的区域之一，在经济社会快速发展的同时，区域性生态环境问题的不确定性与复杂性日益激增，解决区域环境问题的诉求日益迫切。从《长三角地区环境保护合作协议（2009~2010年）》到建立长三角区域大气污染防治协作机制，长三角地区环境保护合作开展了多种形式的沟通、协商和协调，推进了区域各项环保合作的具体落实到位，并取得了一定的积极成效。但受行政壁垒、经济社会发展区域差异、社会治理能力发展不均衡等制约因素的影响，长三角环境保护协同发展仍面临较大的挑战。
为客观评价长三角各地区环保协同发展水平及趋势，本年度蓝皮书总报告构建了区域环境保护协同发展评价体系，评价结果表面：长三角三省一市的环境保护水平都在不断地朝有序化方向发展，其中，上海市环境保护有序度改善幅度最大，浙江省、江苏省和安徽省环境保护有序度虽然也有所改善，但改善幅度低于上海，上升趋势不是很显著。长三角三省一市之间环境保护总体上处于协同演进状态，但各个地区环境保护协同度数值均较小，最大的仅为0.266，说明各地区环境保护协同发展水平还较低。长三角三省一市中，上海于浙江的协同度最高，安徽省于其他三个省市环境保护协同度均处于相对较低水平。
目前长三角大气污染治理合作方式主要为2014年建立的趋于大气污染联防联控协作机制。在此基础上，先后协商出台了《长三角区域落实大气污染防治行动计划实施细则》《长三角区域空气重污染应急联动工作方案》，启动了区域空气质量预测预报体系建设，并取得了阶段性进展。长三角区域水环境合作主要有两种方式：一是三省一市自发的协商模式；二是中央部委主导的流域合作。长三角区域大气污染治理和水环境治理合作面临着许多相似的障碍，主要包括：环境合作的法律法规体系不健全，责任机制和强制力度不够；行政分割导致区域环境统一管理难以实施；环境管理机构职能单一有限，无法有效承担综合协调与监督管理职责；缺少具有区域执法权的监督管理机构；市场机制在区域环境治理合作中为充分发挥作用。此外，长三角大气污染治理和水环境管理也分别面临新的问题和任务，如各类产业园区已经成为长三角经济发展的重要引擎，对流雨水环境的影响巨大。长三角地区拥有数量庞大的机动车和船舶，污染物排放量对城市的大气环境影响较为显著。
当前，长三角一体化发展已经提升至国家战略层面。长三角区域一体化进程的加速，使得地区间相互依赖关系逐渐增强，给地区间建立环保协作机制、优化资源配置、创新环境治理技术、构建区域一体化的环保市场等带来很好的机遇，将有力地促进区域环保合作的发展。长三角环境保护合作重点要解决时空问题：在空间上协调好各地区间的发展差距，在重点地区先行突破；在时间上分阶段稳步推进，由共同关心的突出环境问题入手，逐步覆盖环保全领域。随着长三角经济社会一体化的推进，区域环境保护整体规划编制、建立流域生态补偿机制、区域环保基础设施共建共享、区域环保产业发展和市场开放、构建区域排污权交易市场、优化区域能源结构、合作共建生态产业园区、打造城际低碳绿色交通等成为长三角区域环境保护合作的重点领域。
目录：
一、总报告
长三角环境保护协同发展评价与推进策略【周冯琦 程 进】
二、综合篇
长三角一体化背景下环境治理协作重点研究【周冯琦 程 进】
长三角水环境治理区域合作机制研究【艾丽丽 朱永青】
深化长三角大气污染联防联控机制和对策建议【李 莉 林 立 黄 成 陈宜然】
三、专题篇
长三角船舶废气污染协作治理研究【黄 成】
太湖流域工业园区水环境绩效评价【陈 宁 杨爱辉】
太湖流域工业园区水管理创新的困境及对策建议【刘召峰】
太湖流域河流生态系统健康评价——以东苕溪流域为例【李建华 黄亮亮 曹文彪】