近年来上海自身发展所带来的局部生态环境问题出现了结构性的变化，工程减排的空间已相当有限，但是上海生态环境负荷总体仍在增加，潜在生态环境风险依然存在。因此上海必须主动寻求转型发展，升级优势产业、创新发展节能环保产业，推进产业结构转型；再开发棕色地带、分散工业向园区集中，构筑园区循环经济产业链，推进产业空间集聚；鼓励农村合作组织，发展集约生态农业，实现农业工业化，降低面源污染。通过产业升级和结构转型、空间集聚，提升产业技术水平和管理水平，从源头上减少环境污染，降低经济社会发展的环境负荷。
河口城市既面临着与一般内陆城市相似的由自身的快速发展所带来的局部生态环境问题，同时更受到气候变化背景下来自海洋以及流域的生态环境风险的影响，提升河口城市的生态环境安全必须在关注城市经济社会发展所来的生态环境影响的同时，关注来自流域和海洋的生态环境风险。
由于河口的特殊区位条件，河口的水质、水量、生物多样性和地形地貌都深受整个流域资源开发和利用方式的影响，河口城市的生态安全很大程度上还依赖于整个流域的健康与否。因此河口城市解决自身的生态环境问题，需要和流域上游行政区域建立良好的合作关系。处于长江、太湖流域下游的上海，只有通过流域综合管理，平衡好长江流域、太湖流域保护和发展的关系，在保证社会经济持续稳定发展的同时解决面临的资源环境危机，才能保证上海自身未来持续健康的繁荣和发展，共享流域生态环境安全。
河口城市的生态脆弱性是由多重因素造成的，保障河口城市的生态环境安全自然也要采取多样化措施。不管是治理水环境，还是防台抗洪，都不能单纯依靠工程性手段，而要更加注重制度完善和生态修复等非工程性手段。在抵御台风、洪水等灾害方面，除了建设堤坝、泵站、排水管道外，更要通过恢复湿地、疏通河网等来完善自然界自身的生态调节功能。在全球气候变化背景下，上海应合理利用仍处在增长状态的滩涂资源为城市的未来发展储备土地，同时将滩涂湿地纳入整个城市的生态环境安全格局中。应对建立在滩涂湿地上的新的城市中心----临港新城依据滩涂淤涨的趋势动态调整缓冲带的功能分区和保护开发策略。形成自然和工程手段相结合、与自然共生的解决方案。
2012年上海资源环境发展报告除总报告外，用二个专题报告研究了上海经济社会发展和城市扩张所带来的城市环境负荷的变化，在此基础上从宏观层面对上海的生态足迹和水足迹做了评估；另外报告对影响河口城市生态环境安全的几个重点领域做了专题研究分别是上海水环境安全与河道治理、浦东新区农村河道水质调查与治理、上海防洪防汛体系建设与挑战、黄浦江上游饮用水源地保护机制、上海海岸带开发利用与保护、上海生活垃圾资源化、减量化、无害化处理等。在专题研究的基础上，报告分别从利益相关方参与生态环境管理以及流域综合管理两个专题视角研究如何保障河口城市生态环境安全。报告还对珠江河口治理以及香港的参与、世界河口城市适应气候变化的战略做了比较研究。
影响河口城市生态环境的因素是复杂的，无论是海平面上升、地面沉降还是降水变化等因素造成了流域径流的时空变化对可利用水资源的影响，还是城市经济社会的快速发展所带来的环境负荷变化，都直接影响到河口城市的生态环境安全。这些问题既需要我们在城市发展的大框架大视角之下，从防洪防汛、供水系统、应急防灾系统等角度重新思考城市的基础设施建设是否有足够的应对未来气候变化的能力，也需要我们重新审视城市的生态环境安全格局是否能提供必要的净化、缓冲和疏导的功能。同时也还需要我们从流域的视角来考量流域的发展与环境保护的综合管理。
上海社科院自2001年开始编写蓝皮书系列，2012年上海蓝皮书共出版了经济发展、社会发展、文化发展和资源环境等七本专题报告，对上海发展状况和热点问题进行年度跟踪研究。世界自然基金会支持了资源环境蓝皮书2010、2012的编写工作。