面对全球性的环境和气候变化危机，河口城市显得异常脆弱。但是，在中国，河口城市的生态环境安全问题尚未得到足够的重视。作为特大型河口城市的上海，极高的人口密度、长期二三并举的产业结构，使生态环境问题更加集中和突出，出现了生态系统脆弱且生态环境安全保障体系不完善以及城市人口增加导致的大量社会问题和诸多环境问题。因此，迫切需要对上海生态环境安全状况作出科学的评估，发现生态环境问题的成因，加强生态环境安全方面的建设。《上海资源环境发展报告（2012）》正是在这样的背景下，针对上海市的生态环境安全展开讨论。主体内容按总报告加分报告的形式分别论述。
总报告利用状态―压力―响应模型构建了河口城市生态环境安全评价指标体系，进而对上海2003~2010年的城市生态环境安全状况做了评估，得出了评估结论，并对评估结果进行了详细分析。最后，针对评估结果，对如何提升上海环境安全提出了若干建议。
分报告由四部分构成：包括综合篇、专题篇、管理篇和案例篇。
综合篇，研究了上海经济社会发展和城市扩张所带来的城市环境负荷的变化，并在此基础上从宏观层面对上海的生态足迹和水足迹做了评估。
专题篇，对影响河口城市生态环境安全的几个重点领域做了专题研究，分别是上海水环境安全与河道治理、浦东新区农村河道水质调查与治理、上海防洪防汛体系建设与挑战、黄浦江上游饮用水源地保护机制、上海海岸带开发利用与保护、上海生活垃圾资源化、减量化、无害化处理等。
管理篇，在专题研究的基础上，分别从利益相关方参与生态环境管理以及流域综合管理两个专题视角研究如何保障河口城市生态环境安全。
案例篇，以珠江河口治理以及香港的参与、世界河口城市适应气候变化的战略为例，并将二者做了比较研究。
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